วัดอรุณราชวราราม เป็นวัดโบราณสร้างมาตั้งแต่สมัยอยุธยา ตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกของฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา เดิมเรียกว่า "วัดมะกอก" ตามชื่อตำบลบางมะกอกซึ่งเป็นตำบลที่ตั้งวัด ภายหลังเปลี่ยนเป็น "วัดมะกอกนอก" เพราะมีวัดสร้างขึ้นใหม่ในตำบลเดียวกันแต่ อยู่ลึกเข้าไปในคลองบางกอกใหญ่ชื่อ "วัดมะกอกใน" ต่อมาใน พ.ศ. ๒๓๑๐ เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชมีพระราชประสงค์จะย้ายราชธานีมาตั้ง ณ กรุงธนบุรีจึงเสด็จกรีฑาทัพล่องลงมาทางชลมารคถึงหน้าวัดมะกอกนอกนี้เมื่อเวลารุ่งอรุณพอดี จึงทรงเปลี่ยนชื่อวัดมะกอกนอกเป็น "วัดแจ้ง" เพื่อเป็นอนุสรณ์แห่งนิมิตที่ได้เสด็จมาถึงวัด นี้เมื่อเวลาอรุณรุ่ง

เมื่อพระเจ้าตากสินมหาราชโปรดให้ย้ายราชธานีจากกรุงศรีอยุธยามาตั้ง ณ กรุงธนบุรีและได้ทรงสร้างพระราชวังใหม่ มีการขยายเขตพระราชฐาน เป็นเหตุให้วัดแจ้งตั้งอยู่กลาง พระราชวังจึงไม่โปรดให้มีพระสงฆ์จำพรรษา นอกจากนั้นในช่วงเวลาที่กรุงธนบุรีเป็น ราชธานี ถือกันว่าวัดแจ้งเป็นวัดคู่บ้าน คู่เมือง เนื่องจากเป็นวัดที่ประดิษฐาน พระแก้วมรกตและพระบาง ซึ่งสมเด็จ พระยามหากษัตริย์ศึก (พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช) ได้ อัญเชิญพระพุทธรูปสำคัญ ๒ องค์นี้มาจากลาวในคราวที่เสด็จตีเมืองเวียงจันทร์ ได้ในปี พ.ศ. ๒๓๒๒โดยโปรดให้อัญเชิญ พระแก้วมรกตและพระบางขึ้นประดิษฐาน

เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก มหาราช รัชกาลที่ ๑ เสด็จเถลิงถวัลราชสมบัติ ได้โปรดให้สร้างพระนครใหม่ฝั่งตะวันออก ของแม่น้ำเจ้าพระยา และรื้อกำแพงพระราชวังกรุงธนบุรีออก วัดแจ้งจึงไม่ได้อยู่ในเขตพระราชวังอีกต่อไป พระองค์จึงโปรดให้วัดแจ้งเป็นวัดที่มี พระสงฆ์จำพรรษาอีกครั้งหนึ่ง นอกจากนั้นพระองค์ทรงมอบหมายให้สมเด็จ พระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทร (ร. ๒) เป็นผู้ดำเนินการปฏิสังขรณ์วัดแจ้ง ไว้ในมณฑป และมีการสมโภชใหญ่ ๗ คืน ๗ วัน(ในปี พ.ศ. ๒๓๒๗ พระแก้วมรกตได้ย้ายมาประดิษฐาน ณ วัด พระศรีรัตนศาสดาราม ในพระบรมหาราชวัง ส่วนพระบางนั้นสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้โปรด พระราชทานคืนไปนครเวียงจันทร์) แต่สำเร็จเพียงแค่กุฎีสงฆ์ก็สิ้นรัชกาลที่ ๑ ใน พ.ศ. ๒๓๕๒ เสียก่อน

ต่อมาในรัชกาลพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ พระองค์ทรงดำเนินการปฏิสังขรณ์ต่อจนเสร็จ ทั้งได้ทรงปั้นหุ่นพระพุทธรูปด้วยฝีพระหัตถ์ และโปรดให้หล่อขึ้นประดิษฐานเป็นพระประธาน ในพระอุโบสถ และโปรดให้มีมหรสพสมโภชฉลองวัดในปี พ.ศ. ๒๓๖๓ แล้วโปรดพระราชทาน พระนามวัดว่า "วัดอรุณราชธาราม"

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ ได้ทรงปฏิสังขรณ์วัดอรุณฯ ใหม่หมดทั้งวัด พร้อมทั้งโปรดให้ลงมือก่อสร้างพระปรางค์ตามแบบที่ทรงคิดขึ้น จนสำเร็จเป็นพระเจดีย์สูง ๑ เส้น ๑๓ วา ๑ ศอก ๑ คืบ กับ ๑ นิ้ว ฐานกลมวัดโดยรอบได้ ๕ เส้น ๓๗ วา ซึ่งการก่อสร้างและปฏิสังขรณ์สิ่งต่าง ๆ ภายในวัดอรุณฯ นี้สำเร็จลงแล้ว แต่ยังไม่ทันมีงานฉลองก็สิ้นรัชกาลที่ ๓ ในปี พ.ศ. ๒๓๙๔

เมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ เสด็จเถลิงถวัลราชสมบัติ พระองค์ได้โปรดให้สร้างและปฏิสังขรณ์ สิ่งต่าง ๆ ในวัดอรุณฯ เพิ่มเติมอีกหลายอย่าง ทั้งยังได้อัญเชิญพระบรมอัฐิของพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย มาบรรจุไว้ที่พระพุทธอาสน์ของ พระประธานในพระอุโบสถที่พระองค์ ทรงพระราชทานนามว่า "พระพุทธธรรมมิศรราชโลกธาตุดิลก" และเมื่อได้ทรงปฏิสังขรณ์เสร็จเรียบร้อยแล้ว จึงได้พระราชทานนาม วัดเสียใหม่ว่า "วัดอรุณราชวราราม" ดังที่เรียกกันมาจนถึงปัจจุบัน

ครั้นถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ เกิดเพลิงไหม้พระอุโบสถ จึงโปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์พระอุโบสถใหม่เกือบทั้งหมด โดยได้โปรดให้กรมหมื่นปราบปรปักษ์เป็นแม่กองในการบูรณะ และโปรดเกล้าฯให้นำเงิน ที่เหลือจากการบริจาคของพระบรมวงศานุวงศ์ไปสร้างโรงเรียนตรงบริเวณกุฎีเก่า ด้านเหนือ ซึ่งชำรุดไม่มีพระสงฆ์อยู่เป็นตึกใหญ่แล้วพระราชทานนามว่า "โรงเรียนทวีธาภิเศก" นอกจากนั้นยังได้โปรดให้พระยาราชสงครามเป็นนายงานอำนวยการปฏิสังขรณ์พระปรางค์ องค์ใหญ่ และเมื่อเสร็จเรียบร้อยแล้วจึงโปรดให้มีการฉลองใหญ่รวม ๓ งานพร้อมกันเป็นเวลา ๙ วัน คือ งานฉลองพระไชยนวรัฐ งานบำเพ็ญพระราชกุศลพระชนมายุสมมงคล คือ มีพระชนมายุเสมอพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และ งานฉลองพระปรางค์ ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช รัชกาลที่ ๙ มีการบูรณะปฏิสังขรณ์หลายอย่าง โดยเฉพาะพระปรางค์วัดอรุณฯ ได้รับการปฏิสังขรณ์ เป็นการใหญ่มีการประกอบพิธีบวงสรวงก่อนเริ่มการบูรณะพระปรางค์ใน วันพุธที่ ๒๗ ธันวาคม ๒๕๑๐ และการบูรณะก็สำเร็จด้วยดีดังเห็นเป็นสง่างามอยู่จนทุกวันนี้