“วัดบุปผาราม” เดิมเป็นวัดโบราณซึ่งสร้างมาแต่ครั้งสมัยกรุงศรีอยุธยา ชื่อว่า “วัดดอกไม้” ไม่ปรากฏหลักฐานว่าใครเป็นผู้สร้าง ต่อมาเป็นวัดร้าง ในยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ ท่านผู้หญิงจันทร์ ภรรยาเอกของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาประยูรวงศ์ (ดิศ บุนนาค) ซึ่งเป็นมารดาของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ได้ทำการปฏิสังขรณ์เนื่องจากเป็นวัดที่อยู่ใกล้บ้านของท่าน ต่อมาปลายสมัยรัชกาลที่ ๓ พ.ศ. ๒๓๙๑ สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นไวยวรนาถ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (ขำ บุนนาค) เมื่อครั้งยังเป็นจมื่นราชามาตย์ ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ ในการบูรณะปฏิสังขรณ์วัดครั้งนี้ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ ทรงช่วยในการบูรณะปฏิสังขรณ์ด้วย แล้วพระราชทานนามใหม่ว่า “วัดบุปผาราม”

ดังมีปรากฏในทำเนียบพระอารามหลวงว่า “วัดบุปผาราม พระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดวรวิหาร อยู่ริมคลองวัดบุปผาราม กิ่งอำเภอบุปผาราม จังหวัดธนบุรี เดิมชื่อว่าวัดดอกไม้ เป็นวัดโบราณ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ช่วยกันสร้างเป็นสามส่วน พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามใหม่ว่าวัดบุปผาราม ต่อมาเจ้าพระยาภานุวงศ์ได้ปฏิสังขรณ์”

เมื่อปฏิสังขรณ์เรียบร้อยแล้ว สมเด็จเจ้าพระยา ฯ ได้กราบทูลของคณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายจากพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (ครั้งยังทรงผนวชอยู่) ไปครองวัด แล้วถวายเป็นพระอารามหลวง คณะสงฆ์ธรรมยุติกนิกายที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชทานครั้งนั้น มีพระอมรโมลี (นพ พุทธิสัณหเถระ) เป็นประธานสงฆ์

จากนั้นเจ้าพระยาภาณุวงศ์ (ท้วม บุนนาค) และกุลทายาทสกุลบุนนาค ได้ทำการบูรณะปฏิสังขรณ์ต่อมา สำหรับการประกอบพิธีผูกพัทธสีมานั้น สันนิษฐานว่าคงจะมีในปลายรัชกาลที่ ๓ เมื่อสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ ปฏิสังขรณ์วัดนี้นั้นปรากฏหลักฐานว่า ท่านได้สร้างถาวรวัตถุสำคัญ ๆ ของวัดขึ้น คือพระอุโบสถ พระวิหาร ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ ๒ ชั้นและชั้นเดียว รวมทั้งกำแพงวัดด้วย เมื่อพิจารณาจากถาวรวัตถุที่สร้างขึ้น จะเห็นได้ว่าวัดนี้สร้างขึ้นใหม่ทั้งหมด เพราะของเก่าทรุดโทรมมากจนเกินที่จะปฏิสังขรณ์ของเก่าได้ เนื่องจากร้างมานาน วัดนี้ท่านผู้ใหญ่ในราชการเป็นผู้บูรณะปฏิสังขรณ์ จึงมีกำลังในการทะนุบำรุงวัดเป็นอย่างดี

ในช่วงมหาสงคราโลกครั้งที่ ๒ เมื่อวันที่ ๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๘๗ วัดบุปผารามถูกระเบิดทำลาย ทำให้พระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎีตึกโบราณ และกำแพงวัด ได้รับความเสียหายยากแก่การซ่อมแซม พระธรรมวราลังการ (กล่อม อนุภาสเถระ) ซึ่งดำรงเจ้าอาวาสในขณะนั้น ดำเนินการก่อสร้างพระอุโบสถ ศาลาการเปรียญ กุฎี และกำแพงวัดขึ้นมาใหม่ ที่เห็นได้ชัดเจนคือหน้าบันพระอุโบสถ เป็นรูปตรามหาสุริยมณฑล ซุ้มและบานประตูหน้าต่าง เป็นรูปทรงมหาพิชัยมงกุฎ และตราบัวแก้ว เมื่อก่อสร้างพระอุโบสถใหม่เสร็จเรียบร้อยแล้ว ทางวัดได้ประกอบพิธีผูกพัทธสีมา เนื่องจากย้ายสถานที่ก่อสร้างจากที่เดิม พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลเดช และสมเด็จพระนางเจ้า ฯ พระบรมราชินีนาถ ได้เสด็จทรงเป็นประธานในพิธีผูกพัทธสีมา เมื่อวันที่ ๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๐๗ ถาวรวัตถุที่ก่อสร้างขึ้นเมื่อครั้งสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ และเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ ได้บูรณะปฏิสังขรณ์นั้น ที่เหลืออยู่ในปัจจุบันนี้คือ “พระวิหาร”