วัดปากน้ำ ตั้งอยู่ ณ ที่ราบลุ่มบางกอกซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำเจ้าพระยา ตั้งอยู่ริมคลองหลวงหรือ คลองบางกอกใหญ่ อันเป็นลำแม่น้ำเจ้าพระยาเดิม ก่อนที่จะมีการขุดคลองลัดหน้าวัดอรุณราชวรารามและกลายเป็นลำแม่น้ำเจ้าพระยาในปัจจุบัน

เนื่องจากวัดตั้งอยู่บริเวณปากคลองด่านที่แยกไปจากคลองบางหลวงอีกทีหนึ่ง ชื่อของวัดจึงถูกเรียกขานตามตำบลที่ตั้งว่า วัดปากน้ำ ซึ่งชื่อนี้มีปรากฏเรียกใช้ในจดหมายเหตุโบราณหลายฉบับ แต่ได้พบชื่อของวัดที่แปลกออกไปในแผนที่กรุงเทพฯ พ. ศ. ๒๔๕๓ และ พ. ศ. ๒๔๗๔ ว่า วัดสมุทธาราม แต่ไม่เป็นที่นิยมเรียกขานกันอย่างนั้น คงเรียกว่า วัดปากน้ำ มาโดยตลอด ในสมัยรัชกาลที่ ๔ ได้มีการขุดคลองภาษีเจริญที่ข้างวัดด้านทิศตะวันตก วัดจึงมีลำน้ำหลักล้อมอยู่ทั้ง ๓ ด้าน ส่วนด้านใต้เป็นคลองเล็กแสดงอาณาเขตของวัดในสมัยก่อน

วัดปากน้ำ เป็นวัดโบราณสร้างมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนกลาง ( ระหว่าง พ. ศ. ๒๐๓๑ ๒๑๗๒) สถาปนาโดยพระราชวงศ์ในสมัยกรุงศรีอยุธยา แต่ไม่ปรากฏพระนามแน่ชัด เป็นวัดประจำหัวเมืองธนบุรี ปรากฏในตำนานเรื่องวัตถุสถานต่างๆ ซึ่งพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสถาปนาว่าเป็นพระอารามหลวงครั้งกรุงศรีอยุธยา อันหมายถึงพระอารามที่พระเจ้าแผ่นดินหรือพระมเหสีทรงสถาปนาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยานั้น หลักฐานทางโบราณวัตถุและโบราณสถานภายในวัดมีอายุย้อนไปถึงสมัยอยุธยาตอนกลาง ได้พบร่องรอยคลองเล็กด้านทิศใต้และทิศตะวันตกของวัด ที่โบราณขุดไว้เป็นแนวเขตที่ดินของวัดหลวงสมัยอยุธยา ที่ตั้งของวัดปากน้ำจึงมีลักษณะเป็นเกาะรูปสี่เหลี่ยมมีน้ำล้อมอยู่ทุกด้าน สถาปัตยกรรมและศิลปะวัตถุที่อยู่คู่วัดมาเช่น หอพระไตรปิฏก ตู้พระไตรปิฎกทรงบุษบก ล้วนเป็นฝีมือช่างหลวงสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช และตัวพระอุโบสถก็ใช้เทคนิคการก่อสร้างในสมัยนั้น ได้ค้นพบนามเจ้าอาวาส ๑ รูป ในสมัยสมเด็จพระที่นั่งสุริยาอมรินทร์ ( พระเจ้าเอกทัศ) คือ พระครูธนะราชมุนี

วัดปากน้ำ ได้มีบทบาทสำคัญมาแต่โบราณเพราะได้รับสถาปนาเป็นพระอารามหลวงที่อยู่นอกกรุงศรีอยุธยา เป็นวัดสำคัญประจำหัวเมืองหน้าด่านทางทะเล ในจดหมายเหตุสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้เสด็จพระราชดำเนินทางชลมารคถวายผ้าพระกฐินหลวง ณ วัดปากน้ำ ตลอดรัชกาล

วัดปากน้ำได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์มาโดยตลอด คือ ได้รับพระราชทานพระราชทรัพย์จากสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชในการซ่อมหลังคาพระอุโบสถคราวหนึ่ง ต่อมาพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ ได้บูรณะปฏิสังขรณ์ใหญ่ในตอนต้นกรุงรัตนโกสินทร์ และให้คงรูปแบบสถาปัตยกรรมสมัยกรุงศรีอยุธยาไว้ ครั้นถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ ๕ ทางวัดได้รับพระบรมราชานุญาตบูรณะปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่เกือบทั้งอารามโดยให้อนุรักษ์ศิลปะเดิมไว้ และได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระบรมวงศานุวงศ์นำพระกฐินหลวงมาถวายตลอดรัชกาล

ในสมัยรัชกาลที่ ๖ วัดปากน้ำได้ชำรุดทรุดโทรมลง ไม่มีเจ้าอาวาสประจำพระอาราม มีแต่ผู้รักษาการที่อยู่ในอารามอื่น ทางเจ้าคณะปกครองได้ส่ง พระสมุห์สด จนทสโร จากวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส ซึ่งท่านได้กวดขันพระภิกษุสามเณรให้ปฏิบัติในพระธรรมวินัยอย่างเคร่งครัด ที่สำคัญได้มีการสอนสมถวิปัสสนากัมมัฏฐาน ส่งเสริมการศึกษาพระปริยัติธรรมตั้งสำนักเรียนทั้งนักธรรมและบาลี สร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรมที่ทันสมัยที่สุดในสมัยนั้น ทำให้พระภิกษุสามเณร และสาธุชนเข้ามาขอศึกษาและปฏิบัติธรรมเป็นจำนวนมาก วัดจึงเจริญขึ้นมาโดยลำดับ กลายเป็นศูนย์กลางการปฏิบัติธรรม และเป็นศูนย์กลางการศึกษาบาลี ท่านได้รับพระมหากรุณาธิคุณโปรดเกล้าฯ ตั้งสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะฝ่ายวิปัสสนาธุระ และได้รับพระราชทานเลื่อนสมณศักดิ์มาโดยลำดับ สมณศักดิ์สุดท้ายในพระราชทินนามที่ พระมงคลเทพมุนี แต่ผู้คนทั่วไปรู้จัก และเอ่ยขานนามท่านว่า หลวงพ่อวัดปากน้ำ

ในสมัยสมเด็จพระวันรัต ( ปุ่น ปุณณสิริ) ดำรงตำแหน่งรักษาการเจ้าอาวาส วัดปากน้ำได้รับการปรับปรุงทัศนียภาพและบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งสำคัญ เช่น พระอุโบสถ พระวิหาร ช่างได้เปลี่ยนสถาปัตยกรรมเครื่องบนเป็นศิลปะสมัยรัตนโกสินทร์เกือบทั้งอาราม แต่ตัวรากฐานและอาคารยังคงเป็นของโบราณแต่เดิมมา

ถึงสมัยเจ้าพระคุณสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ ( ช่วง วรปุญโญ ป. ธ. ๙) เจ้าอาวาสวัดปากน้ำรูปปัจจุบัน วัดปากน้ำได้พัฒนาอย่างมากในด้านการศึกษาพระปริยัติธรรม มีพระภิกษุสามเณรสอบได้เปรียญธรรม ๙ ประโยคในนามวัดปากน้ำเป็นจำนวนมาก และการปฏิบัติภาวนาตามแนวหลวงพ่อวัดปากน้ำก็ได้รับการส่งเสริมสนับสนุนให้มีสถานที่ปฏิบัติ คือ หอเจริญวิปัสสนาเป็นเอกเทศ และมีผู้เข้าปฏิบัติเป็นจำนวนมากทุกวัน

ในปี พ . ศ. ๒๕๑๒ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินทางชลมารคถวายผ้าพระกฐิน ณ วัดปากน้ำ

พ . ศ. ๒๕๑๓ สมเด็จพระเจ้าภคินีเธอ เจ้าฟ้าเพชรรัตนราชสุดาสิริโสภาพัณณวดี และพระนางเจ้าสุวัทนา พระวรราชเทวี เสด็จพระราชดำเนินถวายผ้าพระกฐิน

พ . ศ. ๒๕๒๗ พระเจ้าวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าโสมสวลี พระวรราชาทินัดดามาตุ และพระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าพัชรกิตติยาภา เสด็จเป็นองค์ประธานในพิธีบรรจุพระธรรมขันธ์

ในยุคเจ้าอาวาสรูปปัจจุบัน เสนาสนะต่างๆ ได้ถูกสร้างขึ้น โดยเน้นที่ประโยชน์ใช้สอยสูงสุดแต่คงเอกลักษณ์และศิลปะไทยอย่างงดงาม ขณะเดียวกันโบราณสถานและโบราณวัตถุคู่วัดก็ได้รับการบูรณะปฏิสังขรณ์ให้มีอายุยืนยาวต่อไป เช่น หอพระไตรปิฎก พระประธานในพระอุโบสถ ธรรมาสน์อยุธยา และได้สร้างพิพิธภัณฑ์ เพื่อเป็นที่เก็บรักษามรดกของวัดไว้ให้อนุชนรุ่นหลังได้ศึกษาต่อไป