"เป็นพระเจดีย์เก่าแก่ที่มีประวัติความเป็นมายาวนาน เดิมเป็นวัดสำคัญที่อยู่ใจกลางเมืองสมัยโบราณ ภายในวัดมีเจดีย์จุลประโทณประดับภาพปูนปั้นยุคทวาราวดี รูปเรือสำเภาและรูปคนอินเดีย เป็นหลักฐานสำคัญที่สรุปได้ว่าที่นี่เคยเป็นเมืองท่าสำคัญ ปัจจุบันภาพปูนปั้นได้แสดงอยู่ในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพระปฐมเจดีย์"

ประวัติความเป็นมา
วัดพระประโทณเจดีย์สันนิษฐานว่าการสร้างครั้งแรกสร้างขึ้นในสมัยทวารวดี ห่างจากที่ตั้งวัดปัจจุบันไปทางทิศเหนือขององค์พระประโทณเจดีย์ประมาณ 1,200 เมตร

วัดพระประโทณเจดีย์ปัจจุบันสันนิษฐานว่าสร้างขึ้นราว พ.ศ. 2324 ตั้งอยู่ทางด้านทิศตะวันตกเฉียงเหนือขององค์พระประโทณเจดีย์ประมาณ 20 เมตร สันนิษฐานว่าย้ายมาจากที่เดิมเมื่อ 200 ปีเศษ เพราะมีกุฏิโบราณหลังหนึ่งจารึกตัวหนังสือและตัวเลขด้วยปูนบอกว่าซ่อมเมื่อ พ.ศ. 2456 จากหลักฐานดังกล่าวสันนิษฐานว่าสร้างขึ้นราว พ.ศ. 2366 - 2370 ซึ่งสอดคล้องกับข้อมูลของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติว่าวัดพระประโทณเจดีย์ สร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2324 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา เมื่อ พ.ศ. 2327

วัดพระประโทณเจดีย์ ในปัจจุบันเป็นวัดที่มีลักษณะเฉพาะที่สำคัญ 6 ด้าน คือ
1. เป็นวัดที่มีความสวยงาม
2. เป็นวัดที่มีการวางผังอย่างดีเยี่ยม สิ่งปลูกสร้างภายในวัดเป็นระเบียบเรียบร้อยเป็นทรงไทยทั้งหมด
3. เป็นวัดที่ส่งเสริมสนับสนุนการศึกษาของพระภิกษุสามเณรมาโดยตลอด
4. เป็นวัดที่ริเริ่มโครงการอาหารข้าวก้นบาตร เพื่อสงเคราะห์เด็กนักเรียน
5. เป็นวัดที่ประดิษฐานองค์พระประโทณเจดีย์ ซึ่งเป็นศิลปะสมัยทวารวดี
6. เป็นวัดที่ยึดการปกครองโดยยึดหลักพระธรรมวินัยเป็นหลัก

สถานที่ราชการที่ตั้งอยู่ในพื้นที่ของวัดมีทั้งหมด 4 แห่ง
1. วิทยาลัยเทคนิคนครปฐม
2. สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษานครปฐม เขต 1 (เดิมคือสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดนครปฐม)
3. โรงเรียนวัดพระประโทณเจดีย์
4. สำนักงานเทศบาลธรรมศาลา ตำบลธรรมศาลา

ปัจจุบัน พระราชเจติยาภิบาล (จวน ธมฺมธโร) ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสพระอารามหลวง   

จุดเด่นของวัดคือ พระประโทณเจดีย์ เป็นเจดีย์สมัยทวารวดี มีรูปแบบเดิมเป็นทรงโอคว่ำ มีการขุดพบวัตถุโบราณจำนวนมากที่วัดแห่งนี้ เช่น พระพุทธรูป เศียรพระพุทธรูปปูนปั้น พระดินเผา รวมทั้งโลหะสำริดรูปพญาครุฑเหยียบนาค   
เจดีย์จุลประโทน   
พระพุทธรูปด้านในบนปรางค์ประธาน   
พระประโทณเจดีย์ เก่าแก่กว่าพันปี สมัยทวารวดีที่นครปฐม