ตอนที่ ๑ คำนมัสการพระรัตนตรัยของพระติปิฎกจุฬาภัยเถระ พุทธพยากรณ์ในวันปรินิพพาน เรื่องเบื้องต้น บุพพกรรมของบุคคลทั้งสอง พระอรหันต์ขึ้นไปเชิญ มหาเสนะเทพบุตร พระโรหนเถระได้รับมอบธุระ เพื่อให้นาคเสนกุมารได้บรรพชา
ตอนที่ ๒ มหาเสนะเทพบุตรจุติจากเทวโลก นาคเสนกุมารศึกษาไตรเพท พระโรหนะไปนำนาคเสนกุมารเพื่อจะให้บรรพชา นาคเสนกุมารบรรพชา พระนาคเสนแสดงธรรมเป็นครั้งแรก
ตอนที่ ๓ พระนาคเสนไปศึกษาพระไตรปิฏกกับพระธรรมรักขิต ศึกษาร่วมกับภิกษุชาวลังกา พระนาคเสนสำเร็จพระอรหันต์ พระอรหันต์ให้ทูตไปตามพระนาคเสน พระเจ้ามิลินท์เสด็จไปถามปัญหาพระอายุบาล กิตติศัพท์ของพระนาคเสน พระเจ้ามิลินท์ได้ยินชื่อทรงตกพระทัยกลัว พระเจ้ามิลินท์เสด็จไปหาพระนาคเสน
ตอนที่ ๔ พระพุทธศาสนาในประเทศอินเดีย มิลินทปัญหา วรรคที่ ๑ ปัญหาที่ ๑ ถามชื่อ ปัญหาที่ ๒ ถามพรรษา ปัญหาที่ ๓ ถามลองปัญญา ปัญหาที่ ๔ ปัญหาของอันตกายอำมาตย์ ปัญหาที่ ๕ ถามเรื่องบรรพชา ปัญหาที่ ๖ ถามเรื่องปฏิสนธิ (เกิด) ปัญหาที่ ๗ ถามเรื่องมนสิการ (การกำหนดจิต) ปัญหาที่ ๘ ถามลักษณะมนสิการ ปัญหาที่ ๙ ถามลักษณะศีล
ตอนที่ ๕ ปัญหาที่ ๑๐ ถามลักษณะศรัทธา ปัญหาที่ ๑๑ ถามลักษณะวิริยะ ปัญหาที่ ๑๒ ถามลักษณะสติ ปัญหาที่ ๑๓ ถามลักษณะสมาธิ ปัญหาที่ ๑๔ ถามลักษณะปัญญา ปัญหาที่ ๑๕ ถามหน้าที่แห่งธรรมต่าง ๆ กัน จบ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๑
ตอนที่ ๖ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๒ ปัญหาที่ ๑ ถามความสืบต่อแห่งธรรม ปัญหาที่ ๒ ถามความรู้สึกของผู้ไม่เกิดอีก ปัญหาที่ ๓ ถามที่ดับปัญญา ปัญหาที่ ๔ ถามเรื่องปรินิพพาน ปัญหาที่ ๕ ถามเรื่องสุขเวทนา
ตอนที่ ๗ ปัญหาที่ ๖ ถามการถือกำเนิดแห่งนามรูป ปัญหาที่ ๗ ถามการเกิดอีกแห่งพระนาคเสน ปัญหาที่ ๘ ถามเรื่องนามรูป ปัญหาที่ ๙ ถามเรื่องกาลนานยืดยาว จบ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๒ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๓ ปัญหาที่ ๑ ถามมูลเหตุแห่งกาลทั้ง ๓ ปัญหาที่ ๒ ถามที่สุดเบื้องต้นแห่งสงสาร ปัญหาที่ ๓ ถามความปรากฏแห่งที่สุดเบื้องต้น ปัญหาที่ ๔ ถามถึงความเกิดขึ้นแห่งสังขาร ปัญหาที่ ๕ ถามถึงความมีขึ้นแห่งสังขารที่ไม่มี
ตอนที่ ๘ ปัญหาที่ ๖ ถามเรื่องผู้ถึงเวทย์ ปัญหาที่ ๗ ถามถึงความเกี่ยวกับแห่งจักขุวิญญาณกับมโนวิญญาณ ปัญหาที่ ๘ ถามลักษณะผัสสะ ปัญหาที่ ๙ ถามถึงลักษณะเวทนา ปัญหาที่ ๑๐ ถามลักษณะสัญญา ปัญหาที่ ๑๑ ถามลักษณะเจตนา ปัญหาที่ ๑๒ ถามลักษณะวิญญาณ ปัญหาที่ ๑๓ ถามลักษณะวิตก ปัญหาที่ ๑๔ ถามลักษณะวิจาร จบ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๓ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๔ ปัญหาที่ ๑ ถามลักษณะมนสิการ ปัญหาที่ ๒ ถามลักษณะสิ่งที่มีภาวะอย่างเดียวกัน
ตอนที่ ๙ ปัญหาที่ ๓ ถามการเกิดแห่งอายตนะ ๕ ปัญหาที่ ๔ ถามเหตุต่าง ๆ กันแห่งกรรม ปัญหาที่ ๕ ถามถึงสาเหตุที่ควรให้รีบทำเสียก่อน ปัญหาที่ ๖ ถามถึงความร้อนแห่งไฟนรก ปัญหาที่ ๗ ถามถึงเรื่องเครื่องรองแผ่นดิน ปัญหาที่ ๘ ถามถึงเรื่องนิโรธนิพพาน ปัญหาที่ ๙ ถามเรื่องการได้นิพพาน ปัญหาที่ ๑๐ ถามเรื่องรู้จักความสุขในนิพพาน จบ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๔ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๕ ปัญหาที่ ๑ ถามเรื่องความมีและความไม่มีแห่งพระพุทธเจ้า ปัญหาที่ ๒ ถามเรื่องความยิ่งใหญ่แห่งพระพุทธเจ้า ปัญหาที่ ๓ ถามเรื่องการรู้ความยิ่งใหญ่ของพระพุทธเจ้า ปัญหาที่ ๔ ถามเรื่องการเห็นธรรม ปัญหาที่ ๕ ถามถึงความไม่ก้าวย่างไปแห่งผู้จะเกิด ปัญหาที่ ๖ ถามถึงผู้สำเร็จเวทย์ ปัญหาที่ ๗ ถามถึงการก้าวไปแห่งสภาพ ปัญหาที่ ๘ ถามถึงที่อยู่แห่งผลกรรม ปัญหาที่ ๙ ถามถึงความรู้สึกของผู้จะเกิดอีก ปัญหาที่ ๑๐ ถามเรื่องที่อยู่ของพระพุทธเจ้าที่ปรินิพพาน จบ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๕
ตอนที่ ๑๐ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๖ ปัญหาที่ ๑ ถามถึงความรักร่างกายแห่งบรรพชิต ปัญหาที่ ๒ ถามถึงเหตุที่ไม่ทรงบัญญติสิกขาบทไว้ล่วงหน้า ปัญหาที่ ๓ ถามถึงลักษณะมหาบุรุษ ๓๒ ของพระพุทธมารดาบิดา ปัญหาที่ ๔ ถามถึงความเป็นพรหมจารีของพระพุทธเจ้า ปัญหาที่ ๕ ถามถึงการอุปสมบท ไม่อุปสมบท ปัญหาที่ ๖ ถามถึงความต่างกันแห่งน้ำตา ปัญหาที่ ๗ ถามถึงความต่างกันแห่งผู้เสวยรส ปัญหาที่ ๘ ถามที่ตั้งแห่งปัญญา ปัญหาที่ ๙ ถามเรื่องสงสาร ปัญหาที่ ๑๐ ถามถึงเหตุที่ให้ระลึกถึงสิ่งที่ล่วงแล้วได้ จบ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๖
ตอนที่ ๑๑ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๗ ปัญหาที่ ๑ ถาม สติเกิดแต่อาการเท่าไร ปัญหาที่ ๒ ถามว่า ผู้ที่ทำบาปมาตั้ง ๑๐๐ ปี ถ้าเวลาจะตาย ทำจิตให้ผ่องใสได้ก็ไปสุคคติ จะไปได้จริงหรือ ปัญหาที่ ๓ ถามว่า จะเพียรดับทุกข์ที่ยังไม่มาถึงจะได้หรือไม่ ปัญหาที่ ๔ ถามเรื่องความไกลแห่งพรหมโลก ปัญหาที่ ๕ ถามถึงความไปเกิดในพรหมโลกและเมืองกัสมิระ ปัญหาที่ ๖ ถามถึงวรรณะสัณฐานของผู้ไปเกิดในโลกอื่น ปัญหาที่ ๗ ถามเรื่องถือกำเนิดในครรภ์มารดา ปัญหาที่ ๘ ถามเรื่องโพชฌงค์ ๗ ปัญหาที่ ๙ ถามถึงความมากกว่ากันแห่งบาปและบุญ ปัญหาที่ ๑๐ ถามถึงการทำบาปแห่งผู้รู้กับผู้ไม่รู้ ปัญหาที่ ๑๑ ถามถึงผู้ที่ไปอุตตรกุรุทวีปและสวรรค์ ปัญหาที่ ๑๒ ถามเรื่องกระดูกยาว ปัญหาที่ ๑๓ ถามเรื่องเกี่ยวกับลมหายใจ ปัญหาที่ ๑๔ ถามว่าอะไรเป็นสมุทร ปัญหาที่ ๑๕ ถามเรื่องการตัดสิ่งที่สุขุม ปัญหาที่ ๑๖ ถามความวิเศษแห่งปัญญา ปัญหาที่ ๑๗ ถามความต่างกันแห่งวิญญาณเป็นต้น ปัญหาที่ ๑๘ ถามถึงเรื่องสิ่งที่ทำได้ยากของพระพุทธเจ้า ปัญหาที่ ๑๙ พระเจ้ามิลินท์ทรงเลื่อมใสได้ปวารณาพระนาคเสน จบ มิลินทปัญหา วรรคที่ ๗
จบ มิลินทปัญหา