พระพุทธศาสนาในประเทศไทยเป็นนิกายเถรวาท คณะสงฆ์ได้แบ่งลักษณะการบริหารออกเป็น ๒ ฝ่าย คือ

๑. มหานิกาย คณะสงฆ์องค์คณะใหญ่ของเถรวาทดั้งเดิม

๒. ธรรมยุติกนิกาย

นิกายธรรมยุติตั้งขึ้น โดยพระวชิรญาณเถระ ( เจ้าฟ้ามงกุฏ : พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ ขณะดำรงพระยศเป็นเจ้าฟ้ามงกุฏ ) ขณะที่ผนวชอยู่ได้ทรงศรัทธาเลื่อมใสในจริยาวัตรของพระมอญ ชื่อ ซาย ฉายา พุทฺธวํโส จึงได้ทรงอุปสมบทใหม่ เมื่อ พ.ศ. ๒๓๗๒ ได้ตั้งคณะธรรมยุติขึ้นในปี พ.ศ. ๒๓๗๖ แล้วเสด็จมาประทับที่วัดบวรนิเวศวิหารและตั้งเป็นศูนย์กลางของคณะธรรมยุติ

นิกายธรรมยุต ตั้งขึ้นมาเพื่อปฏิรูปพระพุทธศาสนา ฟื้นฟูด้านวัตรปฏิบัติของสงฆ์ เป็นเครื่องเตือนพุทธสาวกของพระองค์ว่า พึงอิงอยู่กับพระธรรม เป็นนิกายที่มีความเป็นเหตุผลและวิทยาศาสตร์ แก่นของพระศาสนา สัจธรรมอันลึกซึ้งที่จะนำไปสู่ความหลุดพ้น ข้อสำคัญคำสอนในพระพุทธศาสนาไม่มีอะไรขัดแย้งกับความเจริญทางวิทยาศาสตร์สมัยใหม่ สิ่งที่วิทยาศาสตร์ค้นพบนั้นเป็นสิ่งที่พระพุทธเจ้าทรงหยั่งรู้เมื่อ 2000 ปีมาแล้ว

พระองค์ทรงริเริ่มวางระเบียบแบบแผน ในด้านการปฏิรูปทางพระพุทธศาสนาหลายประการ ดังนี้

1. ทรงตั้งธรรมเนียมนมัสการพระเช้าค่ำ ที่เรียกว่าทำวัตรเช้า ทำวัตรค่ำ เป็นประจำ และทรงพระราชนิพนธ์บทสวดเป็นภาษาบาลี เป็นคาถา เป็น จุณณิยบท ซึ่งใช้แพร่หลายมาจนถึงปัจจุบันนี้ มีการรักษาศีลอุโบสถ และแสดงพระธรรมเทศนาเวลาเก้าโมงเช้าและบ่ายสามโมงเย็น ในวันธรรมสวนะและวันอุโบสถ เดือนละ 4 ครั้ง

2. ทรงปฏิรูปการเทศน์และการอธิบายธรรมทรงเริ่มการเทศนาด้วยฝีพระโอษฐ์ ชวนให้ผู้ฟังเข้าใจง่ายและเกิดศรัทธา ไม่โปรดเขียนหนังสือไว้เทศน์นอกจากนี้ยังทรงฝึกหัดศิษย์ให้ปฏิบัติตาม ทรงอธิบายเพื่อให้คนเข้าใจในเนื้อหาของหลักธรรม เผยแพร่หลักธรรมสู่ราษฎร อธิบายหลักอันยุ่งยากซับซ้อน คณะสงฆ์ธรรมยุตได้เพิ่มบทสวดมนต์ภาษาไทยลงไป ทำให้คนนิยมฟังเป็นอันมาก

3. ทรงกำหนดวันมาฆบูชาเป็นวันสำคัญทางศาสนาิ่มขึ้นจากวันวิสาขบูชา ทรงพระราชนิพนธ์คำบูชา และวางระเบียบให้เดินเวียนเทียนและสดับพระธรรมเทศนา ทรงชักนำให้บำเพ็ญกุศลตามเทศกาลต่าง ๆ เช่น ถวายสลากภัตร ตักบาตรน้ำผึ้ง ถวายผ้าจำนำพรรษา

4. ทรงแก้ไขการรับผ้ากฐินให้ถูกต้องตามพุทธบัญญัติ คือเริ่มแต่การซัก ตัด เย็บ ย้อม ให้เสร็จภายในวันเดียวกัน

5. ทรงแก้ไขการขอบรรพชา และการสวดกรรมวาจาในอุปสมบทกรรมให้ถูกต้องยิ่งขึ้น เช่น ระบุนามอุปสัมปทา และนามอุปัชฌายะ ซึ่งเป็นภาษาบาลีในกรรมวาจา การออกเสียง อักษรบาลี ทรงให้ถือหลักการออกเสียงให้ถูกฐานกรณ์ของอักขระตามหลักบาลีไวยากรณ์

6. ทรงวางระเบียบการครองผ้า คือการนุ่งห่มของภิกษุสามเณร ให้ปฏิบัติไปตามหลักเสริยวัตรในพระวินัยเพื่อให้สุภาพเรียบร้อย (เดิมพระธรรมยุตครองจีวรห่มแหวก แต่ตอนปลายรัชกาลพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เปลี่ยนมาห่มคลุม (ห่มหนีบ) ตามแบบพระสงฆ์มหานิกาย ครั้นถึงรัชกาลพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวเสวยราชย์ จึงได้กลับมาห่มแหวกตามเดิม) ทรงวางระเบียบการกราบไหว้ของพระภิกษุสามเณร และระเบียบอาจารยะมารยาท ต้องวางตัวให้น่าเลื่อมใสศรัทธา สังวรในกิริยามารยาทและขนบธรรมเนียม

7. ทรงให้พระสงฆ์ธรรมยุต ศึกษาพระปริยัติธรรมให้แตกฉาน สามารถแสดงธรรมเทศนา สั่งสอน สามารถแยกระหว่างความเชื่อที่มีเหตุผล และความเชื่อในสิ่งที่ไม่สามารถอธิบายได้ การศึกษาในด้านวิปัสสนาธุระ ไม่ใช่รับรู้เฉพาะสมถะวิธีอันเป็นเบื้องต้น แต่ให้รับรู้ไปถึงขั้นวิปัสสนากรรมฐาน การปฏิบัติตามพระวินัย ทรงให้ถือหลักว่าสิ่งใดที่สงสัยและน่ารังเกียจไม่ควรกระทำโดยเด็ดขาด พึงเคารพพระวินัยอย่างเคร่งครัด

8. ทรงเห็นความสำคัญในการศึกษาหา ความรู้สาขาอื่น ๆ ของพระสงฆ์ จึงทรงอนุญาตให้พระสงฆ์เข้าศึกษาภาษาอังกฤษกับหมอแคสเวล (Reverend Jesse Caswell) ตามความสนใจ ทำให้มีการสืบสานการเข้าศึกษาหาความรู้เพิ่มเติมของพระสงฆ์มาจนถึงปัจจุบัน

นับได้ว่าพระองค์ทรงเป็นผู้ประทานกำเนิดพระสงฆ์นิกายธรรมยุต โดยทรงจัดวางระเบียบแบบแผนและธรรมยุติกวัตรขึ้นสำเร็จ ซึ่งทรงปฏิบัติไปด้วยความกล้าหาญ ไม่ทรงย่อท้อต่ออุปสรรค แม้ว่าจะมีความพยายามทำลายล้างพระสงฆ์นิกายนี้ ดังเช่นให้สึกพระอุปัชฌาย์ของพระองค์ และกลั่นแกล้งพระสงฆ์นิกายธรรมยุต อย่างไรก็ตามพระสงฆ์นิกายธรรมยุต ก็เป็นที่ศรัทธาของราษฎรทุกชั้นขึ้นตามลำดับ การก่อเกิดของธรรมยุติกนิกายยังผลให้มีการฟื้นฟู และส่งผลที่เป็นคุณแก่พระพุทธศาสนา การพยุงรักษาพระพุทธศาสนาเท่าที่กระทำกันใน รัชกาลก่อน ๆ ในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ การฟื้นฟูและทำนุบำรุงพระพุทธศาสนามุ่งเน้นไปทางพระปริยัติธรรม และก่อสร้างปฏิสังขรณ์ด้านศาสนวัตถุเป็นส่วนใหญ่ แต่ศาสนบุคคลยังไม่ได้รับการฟื้นฟูอย่างจริงจัง กรณีที่มีผู้ประพฤติปฏิบัติผิดพระวินัย ก็ทรงใช้พระราชอำนาจป้องกันปราบปรามให้สึกจากสมณเพศ ยังไม่ได้เข้าไปแก้ไขในวงการสงฆ์ ดังนั้นการที่สมเด็จเจ้าฟ้ามงกุฎ ทรงตั้งคณะสงฆ์ขึ้นและมีวัตรปฏิบัติที่เคร่งครัดถูกต้องตามพระวินัยปฏิบัติในสิ่งที่ถูกต้องดีงาม ศึกษาพระปริยัติธรรมอย่างเข้าใจแจ่มแจ้ง นับได้ว่าทรงฟื้นฟูพระพุทธศาสนาในส่วนที่บกพร่องของพระสงฆ์ไทยที่มีมาแต่โบราณ ให้สมบูรณ์ทั้งพระวินัยปิฎกและพระสุตตันตปิฎก ซึ่งเป็นการสืบต่ออายุของพระพุทธศาสนาให้เจริญรุ่งเรืองอย่างบริบูรณ์ขึ้นในประเทศไทย