วัดโมลีโลกยาราม เป็นพระอารามหลวงชั้นโท ชนิด ราชวรวิหาร เดิมเป็นวัดราษฎร์ สร้างมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา ตั้งอยู่ ณ เลขที่ ๒ หลังพระราชวังเดิมครั้งกรุงธนบุรี ริมคลองบางกอกใหญ่ (คลองบางหลวง) ฝั่งเหนือ แขวงวัดอรุณ เขตบางกอกใหญ่ กรุงเทพมหานคร

วัดนี้มีเนื้อที่จำนวน ๑๒ ไร่ ๓ งาน เว้นด้านหน้าวัดซึ่งจดคลองบางกอกใหญ่ด้านเดียวนอกนั้นกำแพงสูงประมาณ ๕ ศอก ล้อมทั้ง ๓ ด้าน บางด้านเป็นกำแพงพระราชวังเดิมเนื่องจากเป็นวัดที่ตั้งอยู่ในเขตพระราชฐานพระราชวังเดิมสมัยพระเจ้ากรุงธนบุรีนั่นเอง มีอาณาเขต ดังนี้
ทิศเหนือ ติดกำแพงกองทัพเรือ กรมสื่อสารทหารเรือ
ทิศใต้ ติดคลองบางกอกใหญ่ ฝั่งตรงกันข้ามเป็นที่ตั้งของวัดกัลยามิตร
ทิศตะวันออก ติดกำแพงกองทัพเรือ บริเวณอาคาร ๕
ทิศตะวันตก ติดบ้านเรือนประชาชนที่อาศัยอยู่ในพื้นที่วัดและสะพานอนุทินสวัสดิ์

ต่อมาตลอดสมัยรัชกาลที่ ๒ ไม่ได้ทำการซ่อมแซมหรือปฏิสังขรณ์ใด ๆ อีกเลย เพราะเพิ่งสร้างเสร็จในสมัยรัชกาลที่ ๑ จนถึงสมัยรัชกาลที่ ๓ วัดโมลีโลกยารามเริ่มชำรุดทรุดโทรมอีกครั้งหนึ่ง พระยาสวัสดิวารีได้กราบทูลขอทำการบูรณปฏิสังขรณ์ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็โปรดเกล้าฯ ยอมอนุญาตให้พระยาสวัสดิวารีทำการบูรณปฏิสังขรณ์ได้ แต่เมื่อบูรณปฏิสังขรณ์ยังไม่ทันเสร็จ พระยาสวัสดิวารีก็ได้ถึงแก่อนิจกรรมเสียก่อน หาได้โปรดเกล้าฯ ให้ผู้ใดรับบูรณปฏิสังขรณ์ต่อไปอีกไม่ คงปล่อยให้ชำรุดทรุดโทรมอยู่ตลอดสมัยรัชกาลที่ ๓

วัดนี้เป็นวัดโบราณ สร้างมาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี ไม่ปรากฏว่าสร้างเมื่อพุทธศักราชเท่าใด และใครเป็นผู้สร้าง มีชื่อเรียกทั่วไปว่า "วัดท้ายตลาด" มาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา จนถึงยุคกรุงรัตนโกสินทร์ปัจจุบัน เนื่องจากตั้งอยู่ต่อจากตลาดเมืองกรุงธนบุรี คำว่า ตลาดเมืองธนบุรี นั้น ข้าพเจ้าสันนิษฐานว่า เดิมแม่น้ำพระยาไม่ได้ตัดเป็นเส้นตรงอย่างเช่นทุกวันนี้ ช่วงระหว่างปากคลองตลาดบางกอกน้อยบริเวณโรงพยาบาลศิริราชถึงบริเวณท่าเตียนนั้นเป็นแม่น้ำเจ้าพระยาที่ขุดขึ้นใหม่ในสมัยสมเด็จพระไชยราชาธิราช พระมหากษัตริย์พระองค์ที่ ๑๓ (พ.ศ. ๒๐๗๗-๒๐๘๙) แห่งกรุงศรีอยุธยา เพื่อเป็นประโยชน์ต่อการสัญจรทางน้ำการสงคราม การค้าขายทั้งในและนอกราชอาณาจักร เป็นต้น สำหรับแม่น้ำเจ้าพระยาสายเดิมในช่วงบางกอกนั้นเป็นสายที่คิดเคี้ยว เมื่อไหลเข้าสู่บางกอกจะไหลวกเข้าสู่คลองบางกอกน้อยเชื่อมต่อคลองบางกอกใหญ่ ไหลมาออกที่ปากน้ำบริเวณหน้าวัดท้ายตลาดกับบริเวณข้างวัดกัลยาณมิตร ทำให้เสียเวลาในการเดินทางเรือ จึงโปรดให้ขุดคลองลัดบางกอกดังที่เห็นในปัจจุบัน ซึ่งบริเวณเหล่านี้ในสมัยนั้นเป็นตลาดน้ำขนาดใหญ่ที่มีเรือสินค้าทุกประเภทจอดเรียงรายเพื่อค้าขายสินค้าทุกชนิดเต็มไปหมด ซึ่งได้แก่บริเวณปากคลองบางกอกใหญ่และปากคลองตลาดทุกวันนี้ วัดนี้จึงเรียกว่า "วัดท้ายตลาด"

สมัยรัชกาลที่ ๔ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระยาพิศาลศุภผล ทำการบูรณปฏิสังขรณ์ต่อ ขณะที่ได้ทำการบูรณปฏิสังขรณ์อยู่นั้น พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชดำริว่าวัดนี้เป็นวัดของสมเด็จกรมพระราชวังบวรสุรมหาสิงหนาท สร้างอุทิศในสมัยธนบุรี วัดนี้เป็นวัดในเขตพระราชฐาน จึงไม่มีพระสงฆ์อยู่ตลอดช่วงรัชกาล ในรัชกาลที่ 3 ได้รับการปฏิสังขรณ์ใหม่ทั่วทั้งพระอาราม และทรงเปลี่ยนนามใหม่ว่า "วัดโมลีโลกยสุธาราม" ภายหลังมาเรียกกันว่า "วัดโมลีโลกยาราม" วัดโมลีโลกยารามเป็นสำนักเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีที่มีผู้สอบได้เปรียญธรรมมากเป็นระดับต้นๆ ของประเทศ

{ พระอุโบสถ }
มีลักษณะทรงไทยยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์ หลังคามุงกระเบื้องเคลือบ หลังคามุขลด ๓ ชั้น มีช่อฟ้าใบระกาไม้สัก ลงรักปิดกระจก ภายในผนังและเพดานมีภาพเขียนทรงพุ่ม ข้าวบิณฑ์ ประตูและหน้าต่างแกะสลักเป็นลายกนก ลงรักปิดทองสวยงาม ยาว ๒๕ เมตร กว้าง ๙.๕๐ เมตรพระอุโบสถหลังนี้ สมเด็จกรมพระอมรินทรามาตย์ พระบรมราชชนนี พระพันปีหลวง หรือสมเด็จพระอมรินทราบรมราชชนนี พระราชมารดาในสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้าฉิม กรมหลวงอิศรสุนทร (พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒) ได้ทรงสร้างขึ้นโดยทรงผูกพัทธสีมา ณ เวลาบ่าย วันขึ้น ๑๓ ค่ำ เดือน ปีมะเส็ง ตรีศก จ.ศ.๑๑๘๓ ต่อมา พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๔ โปรดให้ทรงบูรณะได้สวยงามอีกครั้ง ทรงประดิษฐานตราไอยราพรตซึ่งเป็นตราแผ่นดินประจำประองค์สมัยนั้นไว้ที่หน้าบันพระอุโบสถอีกด้วย


{ พระวิหาร }
พระวิหารเป็นปูชนียสถานที่นับว่าเก่าแก่ที่สุดของวัด ตั้งอยู่ตรงหน้าพระอุโบสถหันหน้าลงสู่ลำคลองบางกอกใหญ่ สร้างมาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา ต่อมาเมื่อวัดนี้ได้ถูกรวมเข้าเป็นเขตพระราชฐานพระราชวังธนบุรี พระเจ้าตากสินมหาราชทรงใช้เป็นสถานที่เก็บเกลือ เพราะสมัยนั้นเกลือมีความสำคัญมากในการถนอมอาหาร สามารถเก็บอาหารไว้ได้นาน จนถึงมีคำกล่าวกันว่า "หากจะโจมตีบ้านเมือง จะต้องทำลายฉางเกลือ คลังเสบียง และคลังแสงให้ได้" จึงเรียกกันว่า "พระวิหารฉางเกลือ" จนปัจจุบัน ซึ่งถือว่ามีหนึ่งเดียวในสมัยกรุงธนบุรีและกรุงรัตนโกสินทร์


{ หอสมเด็จ }
หอสมเด็จนี้ แบ่งเป็น ๒ ชั้น คือชั้นฐานและชั้นตัวหอ ชั้นฐาน กว้าง ๖.๕๐ เมตร ยาว ๒๑.๕๐ เมตร เป็นฐานรับหอสมเด็จและพระเจดีย์ทรงลังกา ๔ องค์ มีบันไดขึ้นลง ๒ ทาง ด้านล่างแบ่งเป็นช่อง ๆ แต่ละช่องมีรูปปั้นทหารฝรั่งแบกฐานไว้จำนวนมาก ส่วน ชั้นตัวหอ ประกอบด้วยหอสมเด็จและองค์พระเจดีย์ทั้ง ๔ ซึ่งสันนิษฐานกันว่า พระเจดีย์ทั้งหมดนี้บรรจุพระเมาฬีของรัชกาลที่ ๓ และรัชกาลที่ ๔ เป็นที่มาของชื่อวัดนี้ เฉพาะตัวหอสมเด็จกว้าง ๔.๐๐ เมตร ยาว ๘.๖๐ เมตร เป็นตึกทรงไทย ภายในประดิษฐานรูปหล่อของมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ขุน) ผู้เป็นพระราชกรรมวาจาจารย์ในพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓


{ พระประธานในพระอุโบสถ }
เป็นพระพุทธรูปหล่อสำริด ปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง ๔ ศอกคืบ มีพุทธลักษณะงดงามมาก จะสร้างขึ้นพร้อมกับพระอุโบสถหรือมีมาแต่เดิมยังไม่ปรากฏหลักฐาน พระพรหมกวี (วรวิทย์) อดีตเจ้าอาวาสรูปที่ ๑๒ ได้ถวายนามว่า "พระพุทธโมลีโลกนาถ" เป็นพระพุทธรูปโบราณ ศักดิ์สิทธิ์ ทรงพุทธานุภาพ เป็นปูชนียวัตถุเป็นที่สักการะของพระเจ้าแผ่นดิน พระบรมวงศานุวงศ์ ข้าราชบริพาร และเหล่าราษฎรมาตั้งแต่ยุคต้นกรุงรัตนโกสินทร์


{ รูปหล่อสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ (ขุน) }
เจ้าประคุณสมเด็จเป็นเจ้าอาวาสรูปที่ ๒ เป็นพระอาจารย์ถวายพระอักษรเบื้องต้นแด่พระโอรสในพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ ๒ แทบทุกพระองค์ เป็นพระราชกรรมวาจาจารย์ในรัชกาลที่ ๓ เป็นที่เคารพศรัทธาของพระเจ้าแผ่นดิน พระบรมวงศานุวงศ์ และข้าราชบริพารมาก เมื่อมรณภาพแล้ว รัชกาลที่ ๓ โปรดให้หล่อขึ้น เป็นรูปหล่อสำริดนั่งขัดสมาธิมีขาดเท่าองค์จริง ประดิษฐานอยู่บนแท่นซึ่งมีคำจารึกที่ฐานหล่อว่า

"ศุภมัสดุ พระพุทธศักราชล่วงแล้วสองพันสามร้อยแปดสิบหกพระวษา ณ วันจันทร์ขึ้น ๕ ค่ำ เดือน ๘ ปีเถาะ เบญจศก พระบาทสมเด็จบรมธรรมฤกมหาราชาธิราชรามาธิบดีบรมนารถบรมบพิตร พระพุทธเจ้าอยู่หัว มีพระราชโองการ ณ พระบัณฑูรสุรสีหนาท ดำรัส สั่งหลวงกัลมาวิจิตร เจ้ากรมช่างปั้นขวา และอาจารย์ฉิม กรมราชบัณฑิตย์ ให้จำลองหล่อพระพุทธรูปสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ ญาณอดุลย์สุนทรนายก ติปิฏกธรา มหาคณฤษร บวรสังฆาราม คามวาสีบพิตร อันสถิต ณ พุทไธยสวรรยาวาศ วรวิหาร ไว้เป็นที่สักการบูชาแก่สานุศิษย์ทั้งปวงสืบไป"
นอกจากนั้นยังมีรูปหล่อพระสงฆ์หมอบอยู่ด้านข้างอีกด้วย ทั้งนี้ เพื่อเป็นที่สักการะบูชาของพระองค์เมื่อเสด็จมาทอดผ้าพระกฐิน ณ พระอารามนี้